Lê Hữu Trác sinh ngày 11 tháng 12 năm Canh Tý 1720 tại thôn Văn Xá, làng Liêu Xá, huyện Đường Hào, phủ Thượng Hồng, tỉnh Hải Dương (nay là xã Liêu Xá, huyện Yên Mỹ, tỉnh Hưng Yên).Tuy nhiên, cuộc đời ông phần nhiều (đặc biệt là từ năm 26 tuổi đến lúc mất) gắn bó với ở quê mẹ thôn Bầu Thượng (hay Bàu Thượng),  xã Tĩnh Diệm, huyện Hương Sơn, phủ Đức Quang, trấn Nghệ An (nay là xã Sơn Quang, huyện Hương Sơn, tỉnh Hà Tĩnh). Ông là con của ông Lê Hữu Mưu và bà Bùi Thị Thưởng. Là người con thứ bảy nên ông còn được gọi là cậu Chiêu Bảy.

Dòng tộc ông vốn có truyền thống khoa bảng; ông nội, bác, chú (Lê Hữu Kiều), anh và em họ đều đỗ Tiến sĩ và làm quan to. Thân sinh của ông từng đỗ Đệ tam giáp Tiến sĩ, làm Thị lang Bộ Công triều Lê Dụ Tông, gia phong chức Ngự sử, tước Bá, khi mất được truy tặng hàm Thượng thư (năm Kỷ Mùi 1739). Khi ấy, Lê Hữu Trác mới 20 tuổi, ông phải rời kinh thành về quê nhà, và trông nom gia đình vừa chăm chỉ đèn sách, mong nối nghiệp gia đình, lấy đường khoa cử để tiến thân.

Nhưng xã hội bấy giờ rối ren, các phong trào nông dân nổi dậy khắp nơi. Chỉ một năm sau (1740), ông bắt đầu nghiên cứu thêm binh thư và võ nghệ, “nghiên cứu trong vài năm cũng biết được đại khái, mới đeo gươm tòng quân để thí nghiệm sức học của mình” (Tựa “Tâm lĩnh”).

Chẳng bao lâu sau, ông nhận ra xã hội thối nát, chiến tranh chỉ tàn phá và mang bao đau thương, làm ông chán nản muốn ra khỏi quân đội, nên đã nhiều lần từ chối sự đề bạt. Đến năm 1746, nhân khi người anh ở Hương Sơn mất, ông liền viện cớ về nuôi mẹ già, cháu nhỏ thay anh, để xin ra khỏi quân đội, thực sự “bẻ tên cởi giáp” theo đuổi chí hướng mới.

Theo đuổi nghề thuốc

Lê Hữu Trác bị bệnh từ lúc ở trong quân đội, giải ngũ về phải gánh vác công việc vất vả “trăm việc đổ dồn vào mình, sức ngày một yếu” (Lời tựa “Tâm lĩnh”), lại sớm khuya đèn sách không chịu nghỉ ngơi, sau mắc cảm nặng, chạy chữa tới hai năm mà không khỏi. Sau nhờ lương y Trần Độc, người Nghệ An là bậc lão nho, học rộng biết nhiều nhưng thi không đỗ, trở về học thuốc, nhiệt tình chữa khỏi.

Trong thời gian hơn một năm chữa bệnh, nhân khi rảnh rỗi ông thường đọc “Phùng thị cẩm nang” và hiểu được chỗ sâu xa của sách thuốc. Ông Trần Độc thấy lạ, bèn đem hết những hiểu biết về y học truyền cho ông. Vốn là người thông minh học rộng, ông mau chóng hiểu sâu y lý, tìm thấy sự say mê ở sách y học, nhận ra nghề y không chỉ lợi ích cho mình mà có thể giúp người đời, nên ông quyết chí học thuốc.

Ở Hương Sơn, ông làm nhà cạnh rừng đặt tên hiệu “Hải Thượng Lãn ông”. Hải Thượng là hai chữ đầu của tỉnh Hải Dương và phủ Thượng Hồng quê cha và cũng là xã Bầu Thượng quê mẹ. “Lãn ông” nghĩa là “ông lười”, ngụ ý lười biếng, chán ghét công danh, tự giải phóng mình khỏi sự ràng buộc của danh lợi, của quyền thế, tự do nghiên cứu y học, thực hiện chí hướng mà mình yêu thích gắn bó.

Mùa thu năm Bính Tý (1756), Lê Hữu Trác ra kinh đô mong tìm thầy để học thêm vì ông thấy y lý mênh mông nhưng không gặp được thầy giỏi, ông đành bỏ tiền mua một số phương thuốc gia truyền, trở về Hương Sơn “từ khước sự giao du, đóng cửa để đọc sách” (Tựa “Tâm lĩnh”), vừa học tập và chữa bệnh. Mười năm sau tiếng tăm của ông đã nổi ở vùng Hoan Châu.

Sau mấy chục năm tận tụy với nghề nghiệp, Hải Thượng Lãn ông đã nghiên cứu rất sâu lý luận Trung y qua các sách kinh điển: Nội kinh, Nam kinh, Thương hàn, Kim quỹ; tìm hiểu nền y học cổ truyền của dân tộc; kết hợp với thực tế chữa bệnh phong phú của mình, ông hệ thống hóa tinh hoa của lý luận Đông y cùng với những sáng tạo đặc biệt qua việc áp dụng lý luận cổ điển vào điều kiện Việt Nam, đúc kết nền y học cổ truyền của dân tộc. Sau hơn chục năm viết nên bộ “Y tôn tâm lĩnh” gồm 28 tập, 66 quyển bao gồm đủ các mặt về y học: Y đức, Y lý, Y thuật, Dược, Di dưỡng. Phần quan trọng nữa của bộ sách phản ảnh sự nghiệp văn học và tư tưởng của Hải Thượng Lãn ông.

Năm 1783 ông viết xong tập “Thượng kinh ký sự” bằng chữ Hán tả quang cảnh ở kinh đô, cuộc sống xa hoa trong phủ chúa Trịnh và quyền uy, thế lực của nhà chúa – những điều Lê Hữu Trác mắt thấy tai nghe trong chuyến đi từ Hương Sơn ra Thăng Long chữa bệnh cho thế tử Trịnh Cán và chúa Trịnh Sâm. Tập ký ấy là một tác phẩm văn học vô cùng quý giá. Mặc dầu tuổi già, công việc lại nhiều: chữa bệnh, dạy học, nhưng ông vẫn tiếp tục chỉnh lý, bổ sung, viết thêm (tập Vân khí bí điển, năm 1786) để hoàn chỉnh bộ “Tâm lĩnh”. Hải Thượng Lãn ông Lê Hữu Trác không chỉ là danh y có cống hiến to lớn cho nền y học dân tộc, ông còn là một nhà văn, nhà thơ, nhà tư tưởng lớn của thời đại.

Ông qua đời vào ngày rằm tháng giêng năm Tân Hợi (1791) tại Bầu Thượng, (nay là xã Sơn Quang, huyện Hương Sơn, tỉnh Hà Tĩnh), thọ 71 tuổi. Mộ ông nay còn nằm ở khe nước cạnh chân núi Minh Từ thuộc xã Sơn Trung, huyện Hương Sơn.

Lê Hữu Trác là đại danh y có đóng góp lớn cho nền y học dân tộc Việt Nam, trong đó có thuốc Nam, kế thừa xuất sắc sự nghiệp “Nam dược trị Nam nhân” của Tuệ Tĩnh thiền sư. Ông để lại nhiều tác phẩm lớn như Hải Thượng y tông tâm lĩnh gồm 28 tập, 66 quyển chắt lọc tinh hoa của y học cổ truyền, được đánh giá là công trình y học xuất sắc nhất trong thời trung đại Việt Nam và các cuốn”Lĩnh Nam bản thảo”,”Thượng kinh ký sự”không chỉ có giá trị về y học mà còn có giá trị văn học, lịch sử, triết học.